La Città di Mezzo
Mentre Pippo e Paperino parlano, Pluto si allontanerà e in un vicolo troverà Sora. Dopo averlo svegliato, Pluto si allontanerà e Sora, uscendo dal vicolo, vedrà per la prima volta la Città di Mezzo. Andate nel negozio sulla sinistra, il Negozio di Accessori, e parlate con Cid, dopodichè, se volete, Slavtae con il Cerchio di Energia vicino il camino. Dirigetevi al Secondo Distretto, sconfiggete gli Heartless che vi si presentano davanti.
Se volete assistere ad alcuni intermezzi che vi mostrino la ricerca di Leon, da parte di Pippo e Paperino, andate nei seguenti posti: La Strada sul Retro, La Stanza Meccanica e il Terzo Distretto.
Adesso andate nel Negozio di Accessori e salvate la partita. Uscite e incontrerete Leon, che dovrete affrontare in un duello.
Leon
Difficoltà: Medio-facile
Quando siete lontani, usa la magia Fire per attaccarvi. Gli attacchi fisici sono abbastanza potenti. Attaccatelo quando parla. Non importa l'esito della battaglia, ma se vincete, riceverete un Elisir più tardi.
Al risveglio, Sora vedrà Kairi, ma quando sarà più cosciente si accorgerà che in verità è Yuffie. Dopo che Leon e Yuffie vi avranno spiegato chi sono gli Heartless e a cosa serve il Keyblade, parlate con uno dei due. Da adesso in poi potrete aprire qualsiasi serratura. Rassicurate Leon sulle vostre condizioni di salute e affrontate i Soldati. Il cerchio di energia nella stanza verde non sarà più disponibile. Andate da Aerith nel Primo Distretto per ricevere una Granpozione. Prima di recarvi nel Terzo Distretto, comprate qualche Pozione. Nel Terzo Distretto, Pippo e Paperino si uniranno a voi e dovrete affrontare un nuovo Boss:
Guardia Di Ferro
Torso/ Pugni di Ferro/ Piedi di Ferro
HP:700/ 84/ 196
EXP:110
Ricevi: Sangue Blu
Difficoltà: Medio
Innanzitutto distruggete i Pugni e le Mani, stando attenti ad evitare gli attacchi con i Pugni Rotanti. Piedi e Mani, una volta distrutti, vi forniranno sfere HP per curarvi. Quando il Torso gira tre volte, vuol dire che sta per sferrare un Attacco Rotante. Sconfitto riceverete Sangue Blu.
D'ora in poi viaggerete con Pippo e Paperino. Sora imparerà la Magia Fire e Aerith vi darà 100Munny e un Elisir, nel caso in cui abbiate sconfitto Leon. Prima di andare via, ci sono delle cose da fare:
1) Da quando avete Pippo e Paperino in squadra potete attivare i Trio Blu(più avanti anche di altri colori).
Andate in giro per la città a cercarli. Ad esempio il Trio Blu vicino al negozio di Oggetti vi farà trovare uno scrigno contenente una
Cartolina, che dovrete imbucare nella cassetta delle Lettere nel Primo Distretto. In totale ce ne sono 10, consultate la pagina dei Segreti per saperne di più.
2) Quando avrete la Magia Blizzard, recatevi nel Primo Distretto andate sotto il portico, vicino al negozio di Oggetti, e spegnete le candele per riuscire ad aprire lo scrigno sulla mensola.
3) Sul lato del Negozio di Accessori ci sono delle Casse. Avvicinate la cassa grande al muro per poter saltare sul tetto e prendere un'altra
Cartolina.
4) Nella Stanza Verde, trovate un orologio a cucù. Colpite l'ingranaggio sul fianco per spostare di un'ora in avanti l'orologio. Alle 12, alle 6 e alle 7 sentirete delle campane e sul tavolo di fronte troverete uno scrigno contenente uno scrigno contenete del
Mithril.
5) Lanciando Fire sulla porta del Terzo Distretto, presso la statua di Lilli
e il Vagabondo, potrete accedere allo Studio Magico del Mago Merlino, dove per
il momento potrete solo esercitarvi nella magia, ma più avanti potrete accedere
al Bosco dei Cento Acri e parlare con la Fata Smemorina per ricevere le invocazioni.
6) Recatevi alla casa dei 101 cuccioli, nel Secondo Distretto, per iniziare a cercare i 99 cuccioli scomparsi.
7) Nel Negozio di oggetti potete trovare dei nuovi oggetti.
La prima visita si è conclusa, ma avrete modo di tornare nella Città di Mezzo altre volte.
Ritorno alla Città di Mezzo
Dopo aver chiuso la serratura nella Giungla Profonda, avrete il Trio Rosso. Uno si trova nel vicolo dove Sora si è svegliato la prima volta nella Città di Mezzo. Andate sulla Strada sul Retro del Secondo Distretto e usate il Tiro Rosso vicino le sbarre di ferro per accedere al Canale Segreto. Parlate più volte con Leon che vi dirà di andare da Cid e vi darà
Luce della Terra. Prima di andare via, controllate le scale che portano al piano di sopra(lo Studio 
Magico) per trovare uno
scrigno contenente i cuccioli.
Andate da Cid che vi dirà che installerà il Pezzo Navigummi sulla vostra nave, ma dovrete prima consegnare il Libro Antico a Merlino.
Andate da Merlino, il quale metterà il Libro su uno scaffale. Più in avanti, attraverso quel libro e trovando le pagine, potrete accedere la Bosco dei Cento Acri. Parlate con la Fata Smemorina, la quale trasformerà la pietra che vi ha dato Leon in un invocazione:
Simba. Andate nel Terzo Distretto. Dopo un piccolo intermezzo con Riku, andate nella Piccola Casa.
Nella Piccola Casa, vi verranno date diverse informazioni su Malefica, sugli Heartless e sul Diario di Ansem.
Andate nella Stanza Meccanica nel Secondo Distretto, attraversate la stanza, salite le scale, usate il Tiro Rosso e suonate 3 volte la campana. Apparirà la serratura della Città di Mezzo, prima di dirigervi verso di essa equipaggiatevi per bene. Arrivati davanti alla fontana, dovrete affrontare un nuovo Boss:
Guardia Inversa
Torso di Ferro/ Pugni di Ferro/ Piedi di Ferro
HP: 900/ 135/ 270
EXP: 390
Ricevi: /
Difficoltà: Medio-Alta
Attaccate prima le mani e i piedi. Quando diventa un cannone, respingendo gli attacchi, riceverete punti. Se rimane da solo, il busto inizierà a roteare, ma potete evitare gli attacchi con Destrezza. Se siete in difficoltà, mandate in attacco Pippo e Paperino con il tasto Triangolo, mentre voi vi curate. Sconfitto riceverete un Pezzo Navigummi e la magia Aero.
Prima di andare via, andate nel Terzo Distretto e usate la magia Thunder sui cavi elettrici. Dopodichè andate nella Stanza Meccanica e attivate le padane. Andate vicino l'orologio per ricevere
due Cartoline. Andate nel Primo Distretto, parlate con Cid per ricevere un
Cometgummi. Andate nel Negozio di Accessori
e parlate con Pinocchio, che si trova vicino il Bancone. Inoltre andate da Pongo e Paggy per ricevere le ricompense per aver preso i Cuccioli.
Saliti sulla Gummiship Cip e Ciop vi informeranno della Coppa Fil sul Monte Olimpo.
-Agrabah
-Monte Olimpo
Terzo Ritorno alla Città di Mezzo
Parlate con Cid per ricevere un Transgummi. Andate da Pongo e Paggy per ricevere le ricompense dei cuccioli. Se non ci siete mai andati prima, andate da Geppetto, nel Primo Distretto. Adesso andate alla Fortezza Oscura
Quarto Ritorno alla Città di Mezzo
Parlate con Cid. Dopo andate nel Canale Segreto ed avvicinatevi al muro con il disegno per ricevere il Navigummi. Parlate con Kairi, che vi regalerà il Keyholder Portafortuna ed attivate il Trio Bianco di fianco a lei. Andate nello Studio Magico e parlate con la Fata Smemorina, che trasformerà Luce Della Fiamma in Munshu. Inoltre se avete tutte le Invocazioni, riceverete lo Scettro Fortuna di Paperino. Se non l'avete preso prima, parlate con Merlino per ricevere il Keyholder Incantatore, a patto che abbiate tutte le Magie. Andate da Cid e dopodichè andate alla Fortezza Oscura.
Ritorno alla Fortezza Oscura